lista2 estrutural

1) Quais são os termos tradicionalmente presentes em um campo de força clássico? !

Termos para átomos para átomos ligados: Energia de compressão da ligação, energia de deformação angular e energia de torção das ligações.

Termos para átomos não ligados: energia de interação de van der walls e energia de interação eletrosestaticas.

A soma de todos esses termos forma a energia esterica ou portêncial total.

2) Em um campo de força há dezenas de tipos atômicos para cada tipo de átomo. Explique quais as vantagens e desvantagens de aumentar o quantidade de tipos atômicos para um dado elemento químico.

Ideal para modelagem molecular seria usando quântica, porém os calculos são muito caros computacionalmente. Logo é geralmente utilizado mecânica molecular, porém não é possível obter uma aproximação muito próxima do real.

Cada elemento, de acordo com suas ligações, possui uma hibridação diferente. Logo para cada elemento é nescessário utilizar vários tipos atômicos, assim é possível reproduzir efeitos próximos do quântico utilizando mecânica molecular.

Aumentando os tipos atômicos, você obtem cada vez mais particularidades, ou seja acrescentando detalhes ao seu modelo. A desvantagem é que a complexidade do modelo é aumentada, aumentando também o custo computacional.

3) Dê exemplos de aplicações de campos de força em estudos de modelagem molecular.

Dinâmica molucular (buscar outras conformações da proteína), docking e predição de estruturas.

4) Sobre modelagem comparativa, discuta:

a. que critérios devem ser levados em conta na escolha do molde a ser empregado?

O primeiro passo na modelagem comparativa é a identificação de estruturas tridimensionais resolvidas, que possam atuar como uma base estrutural para a modelagem da seqüência-alvo (proteína-alvo). Esta identificação pode ser realizada levando-se em consideração vários aspectos, como: conhecimento estrutural, similaridade de função, expressão pelo mesmo grupo de genes, similaridade seqüencial ou até