Apostila r

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Universidade Estadual Paulista Programa de Pós-Graduação Biologia Animal

Estatística aplicada à ecologia usando o R

Professores responsáveis: Diogo Borges Provete (dbprovete@gmail.com) Fernando Rodrigues da Silva (bigosbio@yahoo.com.br) Thiago Gonçalves Souza (tgoncalves.souza@gmail.com) São José do Rio Preto, SP Abril, 2011

SUMÁRIO Objetivo do curso O que você não encontrará nestaapostila Introdução: integrando questões ecológicas e análises estatísticas O melhor caminho para fazer a pergunta certa Introdução ao ambiente de programação R Baixando e instalando a versão base do R Porque usar o R O “workspace” do R e o Tinn-R Os tipos de objeto: criação e manipulação Operações aritméticas básicas Entendendo o arquivo de ajuda Instalando e carregando pacotes Importação eexportação de dados Criação e manipulação de gráficos no R Distribuições estatísticas Funções de probabilidade Funções de distribuição acumulada Distribuição binomial Distribuição Poisson Distribuição Normal Modelos Lineares Generalizados Curva de acumulação de espécies 4 5 6 8 9 10 10 11 12 15 16 17 18 20 18 23 24 24 28 32 36 65   2   

Estimadores de riqueza Índices de diversidade e diversidade beta (β)Introdução à estatística multivariada Leitura recomendada

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OBJETIVO DO CURSO   Esta apostila foi elaborada para servir como material de apoio para um curso ministrado

no PPG Biolgia Animal da UNESP de S.J. Rio Preto. Nossa proposta com o curso e com esta apostila é de traçar o melhor caminho (pelo menos em nosso ponto de vista) entre questões ecológicas e osmétodos estatísticos mais robustos para testá-las. Guiar seus passos nesse caminho (nem sempre linear) necessita que você utilize um requisito básico: o de utilizar seu esforço para caminhar. O nosso esforço, em contrapartida, será o de segurar suas mãos, mantêlo de pé e indicar as melhores direções para que adquira certa independência em análises ecológicas. Todo o material utilizado durante este curso,incluindo scripts e pdf das aulas está disponível em: https://sites.google.com/site/diogoprovetepage/teaching. Um dos nossos objetivos é mostrar que o conhecimento de teorias ecológicas e a utilização de questões apropriadas são o primeiro passo na caminha rumo à compreensão da lógica estatística. Não deixe que a estatística se torne a “pedra no seu caminho”. Em nossa opinião, programas comambiente de programação favorecem o entendimento da lógica estatística, uma vez que cada passo (lembre-se de que você está caminhado em uma estrada desconhecida) precisa ser coordenado, ou seja, as linhas de comando (detalhes abaixo) precisam ser compreendidas para que você teste suas hipóteses. A primeira parte desta apostila pretende utilizar uma estratégia que facilita a escolha do teste estatísticoapropriado, por meio da seleção de questões/hipóteses claras e da ligação dessas hipóteses com a teoria e o método. Posteriormente à escolha de suas questões é necessário transferir o contexto ecológico para um contexto meramente estatístico (hipótese nula/alternativa). A partir da definição de sua hipótese nula partiremos para a aplicação de cada teste estatístico (de modelos linearesgeneralizados à análises multivariadas) utilizando como plataforma o programa R. Antes de detalhar cada análise estatística, apresentaremos os comandos básicos para a utilização do R e os tipos de distribuição estatística que são essenciais para o desenvolvimento do curso. Para isso, organizamos um esquema que chamamos de “estrutura lógica” que facilita a compreensão dos passos necessários para testar suashipóteses (Fig. 1). É sempre bom ter em mente que “é muito importante saber aonde se quer chegar para poder escolher o que fazer”.

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O QUE VOCÊ NÃO ENCONTRARÁ NESTA APOSTILA   Aprofundamento teórico, detalhes matemáticos, e explicação dos algoritmos são

informações que infelizmente não serão abordadas neste curso. O foco do curso é a explicação de como cada teste funciona...
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