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Aula prática 4: Planejamento de Fármacos I – técnicas in silico
Introdução
Diidrofolato redutase (DHFR) vem sendo reconhecido como um alvo de drogas para inibição da síntese de DNA em, células de proliferação rápida tais como as células cancerosas, bacteriana ou infecções por malária. O metotrexato é um antimetabólico, análogo ao ácido fólico, que inibe a diidrofolato redutase, enzima necessária para a síntese de nucleotídeos e aminoácidos. Assim, reduz a síntese de DNA, inibe a mitose e a proliferação células de divisão rápida, como células da epiderme e da medula óssea.

Figura 1: Estrutura química do metotrexato.

Objetivos da aula
Buscar estrutura do complexo DHFR-metotrexato em banco de dados;
Analisar as interações químicas do complexo;
Fazer o re-docking entre diidrofolato redutase e metotrexato;
Analisar o resultado do re-docking.

Passo a passo

Acessar o Protein Data Bank (PDB) através do site http://www.rcsb.org
Digitar o código 1RG7;
Ir em External Ligand Annotations e lá temos o valor de IC50 da nossa molécula.
No campo Ligand Chemical Components onde podemos visualizar a estrutura do metotrexato (MTX) clicando sobre ela.
Clicar na figura abaixo de View interactions.

Quais são as interações encontradas no complexo DHFR-MTX?
Clicar a direita em Ligand Explorer. Se não iniciar automaticamente, clicar em Launch RCSB – Ligand Explorer.
Observar as interações entre o metotrexato e a enzima.
Quais são os resíduos importantes para a interação com a enzima?
Voltar a parte superior da página do PDB e ao lado do código 1RG7, clicar em Download Files  PDB (file text)
Abrir o arquivo salvo com o programa PyMol.
Display  Sequence.

O que você observa ao longo da sequência? Quais moléculas estão presentes nesse arquivo?

Seria necessário separarmos as estruturas da enzima e do ligante para a etapa de re-docking, porém já utilizaremos as estruturas previamente