bioinformatica

Páginas: 137 (34243 palavras) Publicado: 27 de outubro de 2013
CURSO ON LINE

INTRODUÇÃO À
BIOINFORMÁTICA

Prof. Dr. Francisco Prosdocimi

2007

ÍNDICE
CAPÍTULO 1

CAPÍTULO 2

CAPÍTULO 3

CAPÍTULO 4

CAPÍTULO 5

CAPÍTULO 6

CAPÍTULO 7

CAPÍTULO 8

CAPÍTULO 9

CAPÍTULO 10

UMA VISÃO GLOBAL DA BIOINFORMÁTICA
1.1. O que é a bioinformática?
1.2. O surgimento da bioinformática
1.3. O que preciso saber para ser um bombioinformata?
1.4. Cursos de pós-graduação em bioinformática no Brasil
1.5. Conversando sobre bioinformática – BIOCHAT
1.6. Referências Bibliográficas e textos complementares
1.7. bRAINsTORM
GENOMA, BIOLOGIA MOLECULAR E COMPUTAÇÃO
2.1. Introdução
2.2. Sequenciamento do DNA
2.3. Genômica
2.4. As ômicas: integrando a bioinformação
2.5. O PERL e outras linguagens de programação
2.6. ReferênciasBibliográficas e textos complementares
2.7. bRAINsTORM
ALINHAMENTO DE SEQÜÊNCIAS
3.1. Introdução
3.2. Alinhamento Global
3.3. Alinhamento Local
3.4. Alinhamentos ótimos e heurísticos
3.5. Alinhamentos simples e múltiplos
3.6. Matrizes de comparação
3.7. Exemplos reais de alinhamentos
3.8. Referências Bibliográficas
3.9. bRAINsTORM
MONTANDO UM GENOMA
4.1. Sobre genomas eucarióticos eprocarióticos
4.2. Base-calling
4.3. Cross-match
4.4. Agrupamento de seqüências
4.5. Sobre a cobertura dos genomas
4.6. Referências Bibliográficas
4.7. bRAINsTORM
ANÁLISE DE TRANSCRIPTOMAS
5.1. As ESTs
5.2. Histórico das ESTs
5.3. Agrupamento de ESTs
5.4. O genoma e o transcriptoma
5.5. SAGE – Serial Analysis of Gene Expression
5.6. Microarrays
5.7. Referências Bibliográficas
5.8.bRAINsTORM
BANCOS DE DADOS EM BIOLOGIA MOLECULAR
6.1. Histórico
6.2. Bancos primários e secundários
6.3. GenBank e GenPept
6.4. RefSeq – O banco de dados de seqüências de referência
6.5. SWISSPROT – O maior banco de dados secundário de seqüências de proteínas
6.6. Gene Ontology – Sistema de classificação de genes de acordo com suas características
6.7. Referências Bibliográficas
6.8. bRAINsTORMANOTAÇÃO DE GENOMAS
7.1. Introdução
7.2. Anotação de Nucleotídeos
7.3. Anotação de Proteínas
7.4. Anotação de Processos
7.5. A realização da Anotação Genômica (Sociologia da Anotação)
7.6. Referências Bibliográficas
7.7. bRAINsTORM
BIOINFORMÁTICA EVOLUTIVA E GENOMAS COMPLETOS
8.1. Homologia, Ortologia e Paralogia
8.2. COG
8.3. Trabalhando com genomas completos
8.4. ReferênciasBibliográficas
8.5. bRAINsTORM
BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL
9.1. Sobre a estrutura das proteínas
9.2. Protein Data Bank: o banco de dados de estruturas de proteínas
9.3. Modelagem molecular por homologia
9.4. Alguns programas de modelagem molecular
9.5. Threading
9.6. CASP – Critical Assessment of Structure Prediction
9.7. Estrutura de um arquivo no formato PDB
9.8. Referências Bibliográficas
9.9.bRAINsTORM
CONCLUSÕES E PENSAMENTOS FILOSÓFICOS SOBRE A BIOINFORMÁTICA
10.1. Sobre bioinformática, genoma e ciência
10.2. Introdução
10.3. Genoma e o método científico
10.4. Um conceito de bioinformática
10.5. Princípios paradigmáticos em bioinformática
10.6. Conclusão
10.7. bRAINsTORM

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PREFÁCIO

Quando em 2002 realizei, concomitantemente ao meu mestrado em genética pela
UFMG, o excelente curso de especialização em Bioinformática do LNCC,ministrado por
muitos dos maiores especialistas em genômica e bioinformática de nosso país, tive o
privilégio de ser um dos organizadores (e o primeiro autor) de um trabalho entitulado
“Bioinformática: manual do usuário” em que todos os cerca de 20 alunos do curso
se organizaram com o objetivo de gerar uma publicação básica sobre a área de
pesquisa à qual nos estamos aprofundando e formando....
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