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No filme, temos de um lado a freira Aloysius, que se mostra uma mulher dura, convicta, firme em suas crenças, fé e propósitos. Do outro lado, aparentemente, temos o padre Flynn, um modernista dentro da Igreja, que não leva tão a ferro e fogo os dogmas católicos e acredita que a Igreja deve se renovar para ser mais receptiva. Tradição versus modernidade, pelo menos na questão de mudanças de comportamento.
O conteúdo do discurso do padre mostra a natureza liberal em relação à igreja católica. Em seguida, surge a freira Aloysius que enxerga no conservadorismo da igreja o principal trunfo formador de caráter da instituição. A irmã é diretora da escola católica e controla com muita rigidez o comportamento dos estudantes.
As personalidades diferentes e o pensamento moderno do padre parecem ser o grande motivador para a irmã não ver o padre com bons olhos. E essa pré-disposição para enxergar defeitos no padre leva a irmã a acusá-lo de manter relações além do limite tolerável com o aluno Donald Miller. A questão fica mais critica quando padre Flynn coloca uma camiseta no armário do garoto e também da vinho para o garoto, o que leva a uma série de outras descobertas suspeitas aos olhos da irmã que comanda a escola.
Fica claro no filme que a irmã não fica muito confortável em receber ordens do padre e a partir daí ela começa a fiscalizar as ações do padre. O filme mostra cenas que nos levam a pensar que o padre é um pedófilo, porem com a ajuda da freira essas acusações nos levam a crer que de fato ele cometeu o crime.
Mas não é bem assim, se pararmos para analisar, não achamos nenhuma prova concreta de que o padre cometeu realmente o crime, e boatos não são fatos. A partir daí, levando em consideração os artigos estudados, a irmã vê uma oportunidade para tirar o padre do cargo e começa a agir de modo antiético, ou seja, fazer acusações sem ter provas e fica pressionando o padre a confessar o “crime”. A irmã chega ate a fazer um falso relato de que ligou para a escola