2006 Bioinformatica Tese FabioNakano

Um Novo Modelo para C´alculo de
Probabilidade de Paternidade - Concep¸c˜ao e
Implementa¸c˜ao
F´abio Nakano
7 de Fevereiro de 2007

Conte´ udo 1 Agradecimentos

5

2 Introdu¸ c˜ ao

5

3 Biologia - conceitos b´ asicos e revis˜ ao hist´ orica dirigida

8

4 Probabilidade e Estat´ıstica - conceitos e ferramentas utilizados neste trabalho
4.1 Conceitos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2 Redes Bayesianas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3 Combina¸c˜ao dos resultados de v´arios experimentos . . . . . .
4.4 Teste de Hip´oteses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5 Modelo
5.1 Modelo Proposto . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2 Modelo de Referˆencia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3 Rela¸c˜ao entre o modelo proposto e o de referˆencia . . . . . .
5.4 Exemplo onde h´a diferen¸ca entre o modelo proposto e o modelo de referˆencia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6 Implementa¸c˜ ao 6.1 Defini¸c˜ao da Linguagem . . . . . . . .
6.1.1 Defini¸c˜oes L´exicas e Sint´aticas .
6.2 pater . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.3 sh script . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.4 calcProb . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.5 paterdoc . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.6 bifdoc . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.7 Teste do equil´ıbrio de Hardy-Weinberg

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7 Coment´ arios Finais

60
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75
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Lista de Tabelas
1
2

Cruzamento entre homozigotos . . . . . . . . . . . . . . . . .
Cruzamento entre heterozigotos . . . . . . . . . . . . . . . . .
2

9
9

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19
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Pr(gen filho | gen pai, gen mae) . . . . . . . . . . . . . . . . .
Freq¨
uˆencias dos gen´otipos na popula¸c˜ao