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O projeto é considerado oneroso demais ao governo, custando cerca de 4,5 bilhões de reais, já a transposição irá atingir apenas 5% do território e 0,3% da população do nordeste e o que mais se questiona é que o projeto afetará em grande escala o ecossistema no entorno do Rio São Francisco, prejudicando fauna e flora da região, bem como, o desmatamento de uma área de 430 hectares.

Impactos negativos:
Perda do emprego da população nas regiões desapropriadas e dos trabalhadores ao término das obras.
Modificação nos ecossistemas dos rios da região receptora, alterando a população de plantas e animais aquáticos. A criação de ambientes aquáticos distintos dos existentes e a alteração dos volumes de água nos rios receptores promoverão uma seleção das espécies.
Risco de redução da biodiversidade das comunidades biológicas aquáticas nativas nas bacias receptoras. A seleção entre as espécies exóticas e nativas das regiões receptoras pode impactar na redução de espécies nativas.
Introdução de tensões e riscos sociais durante a fase de obra. No início das obras, prevê-se a perda de emprego e renda nas áreas rurais devido às desapropriações, a remoção da população das regiões onde passarão os canais e a imigração para as cidades em busca de emprego nas obras. Ao término da obra, a dispensa de trabalhadores pode ser foco de conflitos.
A desapropriação das terras e o êxodo das regiões atingidas alterará o modo de vida e os laços comunitários de parentesco e compadrio, que são muito importantes para enfrentar as condições precárias de vida de muitas comunidades.
Circulação de trabalhadores por terras indígenas de duas etnias: Truká e Pipipã, gerando interferências indesejáveis.
Pressão na infraestrutura urbana das cidades que irão receber os trabalhadores, aumentando a demanda por moradia e serviços de saúde.
A região do projeto possui muitos sítios arqueológicos, colocando-os em risco de perda devido às escavações, nas áreas a serem inundadas pelos reservatórios e no