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Tendo visto as formas como as espécies exóticas invasoras se instalam num novo ambiente, é hora de pensarmos em como prevenir esse fato. Como dito anteriormente, a melhor maneira de se prevenir é impedir diretamente a introdução da espécie. Como em muitos casos esse é um procedimento impraticável, especialmente nos casos de introdução acidental, outros modos de se controlar podem sem aplicados. Em primeiro lugar, a detecção de espécies que possuem grande potencial de se tornar exóticas invasoras é fundamental. Com essa detecção, as espécies podem ser analisadas e ter sua dispersão controlada. Alguns fatores que ajudam nessa detecção são: quanto maior a população inicial da espécie em questão e quanto maior a tolerância a diferentes tipos de clima, maior a chance de se tornar invasora. Espécies que também já foram diagnosticadas como potenciais invasoras em outros locais também merecem atenção.
Em segundo lugar, no caso de espécie invasora já instalada, sua erradicação é desejável, porém, isso nem sempre é possível. É necessário estudar o custo-benefício de tal erradicação, pois muitas vezes são processos caros e que precisam de muito tempo, ou que podem causar ainda mais danos ao ambiente. No caso de a erradicação não ser aplicável, então o controle sobre a espécie é a única solução a ser aplicada.
Apenas para se ter uma idéia dos prejuízos que podem ser gerados, estudo apresentado pela organização não governamental The Nature Conservancy (TNC) estima que mais de 1,4 trilhão de dólares, cerca de 5% da economia global, são gastos todos os anos na luta contra o avanço de espécies exóticas. No Brasil, esse valor chega a 50 bilhões de dólares por ano, segundo o coordenador do Programa de Recursos Genéticos do Ministério do Meio Ambiente, Lidio