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Apesar de sua grande importância no comércio exterior o SISCOMEX tem seus pontos fracos e gargalos que atrapalham sua evolução e aumento de eficiência, como, por exemplo, o fato de ser gerido por três diferentes órgãos.
Então são expostas as vantagens e os entraves para a melhoria do sistema. E para concluir, algumas indicações de como atacar os problemas identificados.
A utilização desse conjunto de sistemas trouxe inúmeros benefícios tanto para os seus usuários finais, importadores e exportadores, quanto para o governo. Além, de acelerar toda a operação de comércio exterior facilitando a vida dos importadores e exportadores, tornou-se possível acompanhar/monitorar as operações em todas suas etapas em tempo real e ter relatórios gerenciais, estatísticos e analíticos muito mais precisos. Entre os principais benefícios trazidos pela implantação dos sistemas SISCOMEX podemos citar: a melhora na detecção de fraudes; redução de erros de preenchimento de informações; diminuição do volume de documentos em papel; agilidade na coleta e processamento de informações; redução de custos administrativos e operacionais para o governo, o aumento da arrecadação de impostos e expansão da balança comercial.
Apesar do grande avanço e todas as vantagens citadas acima, ainda há muito espaço para tornar a realidade do comercio exterior brasileiro ainda melhor. O calcanhar de Aquiles desse conjunto de sistemas é a integração e entre eles e a atualização de cada peça do conjunto. Os sistemas são desenvolvidos em épocas diferentes e como a rápida mudança tecnológica, precisam ser atualizados constantemente. Um bom exemplo disso é o sistema NovoEx, que é a nova versão do sistema de exportação, com mudanças bem radicais quanto à plataforma tecnológica utilizada (JANSSEN,2011). Além da diferença de 'data de nascimento' os sistemas são pensados diante de cenários econômicos e políticos distintos, utilizam variadas tecnologias e podem nascer nos diferentes órgãos de governo. O fato de