MC1 Aula3 Docking

I Workshop em Métodos Computacionais Aplicados ao Desenvolvimento de Fármacos

O atracamento molecular
Que?

Método para achar o melhor encaixe entre dois moléculas

O atracamento molecular
Que?
Como?

Método para achar o melhor encaixe entre dois moléculas

Modificação das conformações/orientações delas para maximizar a interação.
Minimização energética (a melhor modo de união deve ter a menor energia).

O atracamento molecular
Objetivos
1. Determinar se o ligante pode-se unir com a proteína
2. Estimar a geometria do complexo
3. Estimar a energia de ligação

Ferramentas
1. Busca do modo de união ótima: atracamento rígido ou flexível
2. Uma função de avaliação (scoring function) para estimar a energia de união

1. Preparação da proteína

A) Identificação de sitos de união ?

?

?

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A) Identificação de sitos de união 1.

Estrutura conhecida de complexos proteína/ligante

2.

Conservação de resíduos entre espécies

3.

Motivos estruturais típicos no sito ativo de uma família de proteínas

4.

Partes rígidas das proteínas

5.

Pontos quentes (Hot spots): A mutação deles por alanina causa um aumento significativo da energia de união

6.

Dados de NMR como os desplazamentos químicos ou acoplamentos dipolares

7.

Existência de grupos que podem formar enlaces de hidrogênio, de fissuras nas enzimas ou de grupos carregados na superfície da proteína

8.

Ferramentas computacionais: predizem sitos de união baseados em distintas propriedades como áreas de superfície enterradas, desolvatação, energias de interação eletrostática, hidrofobicidade, conservação de resíduos

Prática
• Vamos identificar cavidades e possíveis sitos de união de ligantes com o programa “CASTp calculation • Subir o PDB do modelo de MCHR1 criado.
• Olha os possíveis sitos de união achados.

Prática

Prática

B) Caracterização do sito de união B) Caracterização do sito de união Duas formas principais de representação

1. Representação

molecular:

Descritores

geométricos de forma que