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Tokugawa Hidetada não pensava como seu pai, tendo concepções muito diferentes a respeito das relações do Japão para com o resto do mundo. Para ele, a presença dos padres europeus no arquipélago representava um grande perigo à cultura local. Sendo assim, confucionista que era, iniciou uma série de perseguições aos Cristãos Japoneses e aos missionários Europeus. Além da questão religiosa, Hidetada estava começando a se tornar impaciente com as pressões das potências européias, em especial Holanda e Inglaterra, no sentido de maiores concessões comerciais. Para ele, se as concessões fossem maiores, o Japão começaria a ser prejudicado pelo comércio com os Europeus, Logo começou, então, a impor sanções contra as companhias comerciais européias. E não parou por aí.
Em 1617, os missionários são expulsos dos Japão e o Cristianismo é proibido, sendo seus praticantes condenados à morte. Esta medida gerou muita revolta por parte dos Cristãos Japoneses, que começaram a se armar e, em 1637, realizaram a revolta de Shimabara, na ilha de Kyushu. Esse levante foi duramente reprimido por Hidetada, sendo mortos mais de 37 mil cristãos. Calcula-se que, após a derrota dos revoltosos de Shimabara, o Cristianismo tenha sido extinto completamente no Japão. Paralelamente a isso, o Japão fechou-se a toda influência estrangeira. Em 1624 os espanhóis são expulsos, e a eles se seguem portugueses e ingleses, bem como os demais europeus. Aos holandeses foi concedida a autorização para que continuem em Nagasaki até 1640, ano em que foram expulsos.
Como já foi dito acima, entre 1603 e 1633 mais de 300 navios japoneses comercializaram produtos com os diversos portos da Ásia, chegando até a Europa. Esse comércio foi interrompido em 1633, pois o Shogun ordenou que nenhum japonês poderia sair do país a partir daquela data. A partir de 1640, nenhum estrangeiro poderia entrar no Japão.