Filogenia

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Durante seu tempo como prisioneiro de guerra, Hennig esboçou sua mais importante contribuição à Sistemática, que permaneceu inédita até 1950 (Intitulada Grundzüge einer Theorie der Phylogenetischen Systematik - Fundamentos de uma Teoria da Sistemática Filogenética). O rascunho escrito a lápis e caneta esferográfica num caderno A4 chega a 170 páginas. Durante a guerra, ele também publicou cerca de 25 artigos científicos. A maioria da correspondência e pesquisa bibliográfica foi conduzida por sua esposa, Irma.
1950: Fundamentos de uma Teoria da Sistemática Filogenética
De 1° de dezembro, 1945 a 31 de março, 1947, Willi Hennig substituiu seu supervisor de tese Paul Buchner como assistente do Professor Friedrich Hempelmann na Universidade de Leipzig, dando conferências em biologia geral, zoologia, especialmente entomologia. Retornou ao Instituto alemão de Entomologia em Berlim no dia 1 de abril de 1947, e abandonou seu cargo em Leipzig. De 1° novembro, 1949 dirigiu a seção de entomologia sistemática e era o segundo diretor do instituto. No dia 1° de agosto de 1950, se tornou autoridade em zoologia na Universidade de Bradenburg (Brandenburgische Landeshochschule) em Potsdam. Em 10 de outubro do mesmo ano, ofereceram-lhe uma cadeira com responsabilidades de ensino, que ele cumpriu lecionando em zoologia de invertebrados, zoologia sistemática e práticas em taxonomia. No mesmo ano, ele publicou seu livro "Fundamentos uma Teoria da Sistemática Filogenética", e nos anos seguintes mais trabalhos sobre a metodologia da Sistemática Filogenética, acompanhados por numerosos trabalhos taxonômicos sobre Diptera. Seu livro de dois volumes Taschenbuch der Zoologie (Livro de bolso de Zoologia), em que ele aplicou a sistemática filogenética a invertebrados pela primeira vez, foi particularmente bem sucedido. A revisão e tradução da sua grande obra de 1950 para o inglês, publicada em 1966, Phylogenetic Systematics, fez com que Hennig e suas