Biologia

Páginas: 6 (1353 palavras) Publicado: 1 de outubro de 2013
Aspectos Básicos da Biologia Celular e Molecular Entrega 23/01/2013 no DGE, sl 14
· Questão 1
Descreva claramente as entradas e saídas do BLAST. O que são arquivos FASTA e PDB.
R: Para usar as ferramentas BLAST, existem formatos pré-definidos de entradas e saídas que as representações dos genes devem seguir. As bases nitrogenadas do DNA, como vimos, podem ser representadas em arquivos textoonde cada letra representa uma base, A (adenina), T (timina), G (guanina) ou C (citosina). Essas bases, tomadas três a três, formam os vinte aminoácidos usualmente encontrados nas proteínas, portanto, outra forma de representarmos o gene pode ser a forma traduzida em sequências de aminoácidos, e nesse caso cada letra representa um deles. Esse raciocínio aplica-se tanto ao formato de consultaquanto ao formato do banco. Os arquivos que representam as sequências de DNA ou proteínas das consultas e dos bancos de dados devem seguir o formato FASTA. O formato FASTA consiste em uma linha com o identificador do gene ou sequência, seguido de uma pequena descrição, que deve se iniciar com o símbolo > (maior que), sendo ambos opcionais, seguido da sequência em si. Recomenda-se que as linhas dasequência possuam no máximo 80 caracteres, o que também é opcional. Existem dois tipos de arquivo FASTA, um que representa a sequência por suas bases, ou seja, basicamente cada letra é um nucleotídeo, e outro que as bases já se apresentam convertidas em aminoácidos e cada letra representa um deles. 
 Complemento: 
Os programas que compõem a família de aplicações BLAST estão encapsulados em um únicoprograma executável, o blastall. E para usar cada um deles deve-se passar seu nome como argumento. Abaixo, descrevemos brevemente cada programa dessa família: 
blastn - comparar uma sequência de nucleotídeos com o banco de dados de nucleotídeos. 
blastp - comparar uma sequência de proteína com o banco de dados de proteínas, tem uma opção de procurar domínios conservados na proteína. 
blastx -comparar uma sequência de nucleotídeos, traduzida em todas as 6 quadras abertas de leitura, com o banco de dados de proteínas. 
tblastn - comparar uma sequência de proteína com o banco de dados de nucleotídeos traduzindo em todas as 6 quadras abertas de leitura. 
tblastx - comparar uma sequência de nucleotídeos, traduzida em todas as 6 quadras abertas de leitura, com o banco de dados denucleotídeos traduzindo em todas as 6 quadras abertas de leitura. 



Programa 
Tipo de consulta 
Tipo de banco de dados 
Blastn 
Nucleotídeo 
Nucleotídeo 
Blastp 
Aminoácido 
Nucleotídeo 
Blastx 
Nucleotídeo 
Aminoácido 
Tblastn 
Aminoácido 
Aminoácido 
Tblastx 
Nucleotídeo 
Nucleotídeo 
Tabela I: Tipos de consulta do BLAST
 · Questão 2 - Procurando um gene no GenBanck:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Seqüência de nucleotídeos desconhecida:
ATT TGC TTC TGA CAC AAC TGT GTT CAC TAG CAA CCT CAA ACA GAC ACC ATG GTG CAC CTG ACT CCT GAG GAG AAG TCT GCC GTT ACT GCC CTG TGG GGC AAG GTG AAC GTG GAT GAA GTT GGT GGT GAG GCC CTG GGC AGG CTG CTG GTG GTC TAC CCT TGG ACC CAG AGG TTC TTT GAG TCC TTT GGG GAT CTG TCC ACT CCT GAT GCT GTT ATG GGC AAC CCT AAG GTG AAG GCT

Pede-se:
1. De quegene se trata?
R: Tipo de Gene (HBB - beta hemoglobina) para codificação de proteína, encontrado em Gorilas (max score mais elevado), seguindo a linhagem de evolução: Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Catarrhini; Hominidae; Gorilla. Localizado no cromossomo 11, as globinas são proteínas heme que se ligam etransportam o oxigênio.
2. A que organismo pertence esta sequência?
R: Pelo Max Score mais elevado, o resultado aponta que pertence a organismo de Gorilas. Similaridades encontradas em menos escalas para organismos como: Chimpanzés e Homo Sapiens respectivamente.
3. Qual a similaridade?
R: A similaridade do gene varia entre 100%, entre os gorilas e os chimpanzés, 99% entre os humanos,...
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