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PFGE indica qualquer técnica de eletroforese apropriada para separar grandes fragmentos de DNA, por meio da reorientação do DNA em gel pela ação de campos elétricos alternados. É reconhecida como padrão ouro para identificação de linhagens bacterianas, fúngicas e de protozoários. Algumas informações sobre a organização genômica de protozoários foram adquiridas através da técnica de PFGE. Estes organismos não apresentam condensação de cromossomos durante a metáfase e possuem um grande número de repetições in tanden de genes codificadores de proteínas. Informações básicas como a ploidia, número e tamanho dos cromossomos (cariotipagem) eram desconhecidas, para a maioria das espécies. A técnica de PFGE permitiu a construção de bibliotecas genômicas destas regiões que, de outra forma, não poderiam ser analisadas.
Segundo Magalhães et al., a qualidade do DNA preparado para a corrida eletroforética é de fundamental importância. Como o objetivo é a separação de fragmentos de alto peso molecular, é imprescindível assegurar sua integridade. Moléculas grandes de DNA em solução, normalmente utilizadas nas preparações convencionais sofrem danos proporcionais ao quadrado de seu peso molecular. Assim, a extração de DNA cromossômico a ser usado em PFGE é feita com a incorporação das células bacterianas a serem lisadas em blocos de agarose, que proporciona proteção mecânica às moléculas de DNA.
PFGE é uma técnica bastante complexa com um poder discriminatório muito elevado. É