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IME
ISSN 1982-9035 Monografias em Sistemas e Computação n° 02/2009

Proveniência de dados na área de Bioinformática
Milene Pereira Guimarães Maria Claudia Reis Cavalcanti

Seção de Engenharia de Computação

INSTITUTO MILITAR DE ENGENHARIA PRAÇA GENERAL TIBÚRCIO 80 – CEP 22290-270 RIO DE JANEIRO – BRASIL

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Monografias em Sistemas e Computação, No. 02/2009 Editor: Prof. ClaudiaMarcela Justel

ISSN: 1982-9035 Maio, 2009

Proveniência de dados na área de Bioinformática
Milene Pereira Guimarães, Maria Claudia Reis Cavalcanti
milenepgj@gmail.com, yoko@ime.eb.br

Abstract. In Bioinformatics, several information systems are already trying to help capture data provenance, due to its relevance for the description of a scientific experiment. During a scientific experiment,new findings are registered as annotations with the support of these systems. However, in order to capture data provenance, these systems should register what led the scientists to these annotations. In this work we investigated three scenarios, out of several biological scenarios that use informational systems: metabolic pathways, SNPs and Genomics. In order to investigate the real need for dataprovenance and find out which systems and databases already provide it, we have selected some databases for each of those scenarios. A comparative study of such biological scenarios where created and showed us an overview about the provenance captured by such respective databases and that some data provenance captured shortage can leave relevants data that were generated or consumed by experimentsto be lost. Keywords: Data Provenance; Annotation Provenance; Databases; Bioinformatics. Resumo. Na Bioinformática, muitos sistemas de informação já tentam auxiliar na captura da proveniência de dados, por ser importante para a descrição de um experimento científico. Durante um experimento científico, novas descobertas observadas são registradas na forma de anotações com o apoio de sistemas deinformação. Entretanto, para a captura da proveniência de dados, esses sistemas podem levar os cientistas a essas anotações. Neste trabalho nós investigamos três cenários, dentre os diversos cenários da Biologia que usam sistemas de informação: rotas metabólicas, SNPs e Genômica. Para investigar a real necessidade da proveniência de dados e encontrar quais os sistemas e bancos de dados que jáfornecem esta captura, nós selecionamos alguns bancos de dados para cada um desses cenários. Um estudo comparativo de cada cenário da Biologia foi criado e nos mostrou uma visão geral sobre a proveniência capturada por cada banco de dados respectivo e que algumas carências na captura da proveniência de dados pode levar dados relevantes que foram gerados ou consumidos por experimentos a serem perdidos.Palavras-chave: Proveniência de Dados; Proveniência da Anotação; Banco de Dados; Bioinformática

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Responsável por publicações: Ricardo Choren IME – Seção de Engenharia de Computação Praça General Tibúrcio 80, Praia Vermelha 22290-270, Rio de Janeiro/RJ, Brasil Tel. +55 21 2546-7090 E-mail: choren@ime.eb.br

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1 Introdução
Atualmente, os centros de pesquisa genômicos no Brasil e nomundo como o Instituto Oswaldo Cruz da Fundação Oswaldo Cruz1, Centro Nacional para Informação Biotecnológica2 e o Instituto Europeu de Bioinformática3, utilizam ferramentas que constituem sistemas de informação para processamentos e análises de genes, visualizações de sequenciamento de genes e posterior armazenamento desses dados. Sistemas de anotação genômica foram desenvolvidos para dar suporteaos experimentos, seja em bancada molhada, efetuados em laboratórios de biologia, ou in silico, sendo estes realizados com o auxílio de sistemas de informação, chamados de sistemas de anotação, relacionados ao processo de anotação que de acordo com (BELLOZE, 2007) compreende atividades que registram o recebimento e pré-análise de sequências e em seguida, a análise, anotação e consolidação da...
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