Tinker Cell

TinkerCell foi projetado com a expectativa de que o futuro da biologia sintética seja uma interação complexa entre uma variedade de técnicas experimentais, bancos de dados que armazenam os resultados de experimentos e modelos matemáticos que explicam os diferentes aspectos dos experimentos.

O uso ideal do TinkerCell seria assim:
Passo1: usuário desenha um sistema biológico;
Passo 2: o usuário executa alguma análise;
Passo 3: volte para o passo 1, se a análise não for satisfatória.
O passo de análise pode incluir:
A análise matemática dos sistemas não lineares;
Simulações estocásticas, análise estrutural, e outros métodos de biologia de sistemas;
Previsão de trajetórias evolutivas para evolução dirigida;
Análise e otimização da sequência de DNA;
Banco de dados para encontrar componentes adequados;
Gerar diferentes versões do mesmo projeto;
Carregar os dados experimentais a partir de banco de dados e relacioná-los com o diagrama. Não se tem todas essas funções no Tinkercell desde o início, então ele usa uma estrutura plugin flexível, que permitirá que outros contribuam com novas funções para ele. Os plug-ins podem ser escritos em C, C + +, Python, ou Octave. Outras línguas, por exemplo, Java, também podem ser adicionadas a esta lista.

A ideia básica por trás do TinkerCell é representar um diagrama que é suficientemente detalhado, para que ele possa ser mapeado para os modelos ou resultados experimentais. Um pesquisador humano é capaz de conectar modelos e experimentos, pois eles são capazes de vinculá-los usando uma compreensão conceitual do sistema. TinkerCell permite essa capacidade em software.

RESUMO DE DIAGRAMAS AINDA DETALHADOS

Não é inteiramente correto fornecer um único modelo matemático para um sistema biológico, porque este é apenas uma hipótese. Pode haver várias hipóteses para o mesmo sistema e o
TinkerCell distingue um "modelo" de um "esquema". Embora os diagramas sejam muito abstratos, eles contém todos os