Resumo bacteriologia ambiental

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Qualificação de Doutorado

Doutoranda: Raíssa Bocchi Pedroso Orientador: Prof. Dr. Celso Vataru Nakamura

 “não

cultiváveis” e “ ainda não cultivados”  organismos que ainda não crescem em meios artificiais in vitro.  “great plate count anomaly”

61 filos --- 31 não cultiváveis
A phylogenetic tree of 16S rRNA sequences of Bacteria, based on pure cultures and clonal libraries fromnatural samples. Note the existence of many phyla (shown in outline rather than as solid black lines) that have not yet been cultivated

54 espécies –49 filos não cultiváveis

This diagram shows conserved and variable regions of the small subunit rRNA (16S in prokaryotes or 18S in eukaryotes). Each dot and triangle represents a position that holds a nucleotide in 95% of all organismssequenced, though the actual nucleotide present (A, U, C, or G) varies among species. Figure by Jamie Cannone, courtesy of Robin Gutell; data from the Comparative RNA Web Site: www.rna.icmb.utexas.edu

 Espécies

bacterianas que nunca foram identificadas por cultura.

 Coincidência?  Bactérias

com crescimento lento  Filotipos geneticamente diferentes porém fenotipicamente indistinguível (2005)

Várias técnicas de cultivo resultaram no isolamento de diferentes grupos de bactéria para cada método, confirmando o impacto que as condições de cultivo tem no rendimento de culturas.

 Não
    

crescimento:

Meios de cultura, Condições de incubação, Competição por nutrientes, Presença de bacteriocinas, Presença de substâncias antibacterianas no meio.

Unidadecomplexa: •Alimentação cruzada •Cooperação metabólica – produção ácido lático por Streptococcus mutans e utilização por Veillonella spp •Quorum-sensing

 Citosina


bacteriana – fator promotor de ressuscitação (Rpf) – Mukamolova et al.1998

   

Micrococcus luteus dormente Crescimento de células vegetativas Mycobacterium tuberculosis Estrutura semelhante a lisozima Atividademuralítica Remodelamento do peptidioglicano na parede celular de células dormentes – crescimento celular

 Moléculas

sinalizadoras

 Meios

ricos em nutrientes –

crescimento rápido X crescimento lento
 Meios

com nutrientes diluídos
de bactérias aquáticas e

 Crescimento

terrestres

 Filtração  Centrifugação

por gradiente de densidade

 Elutriação

 separação portamanho de

partículas  Diluição  diluição da quantidade bacteriana

Davis et al. 2005

•Song et al. (2009) -- 24 semanas -- SAR11 •Hugenholtz (2002) – 50 dias -- TM7

Fig 4.Increases in viable counts on different media with increasing incubation times. Symbols:  0.1 TSA; ■, WSA; ▲, CSEA; ◊, VXylG; □, VXylA; ᴑ, DNBG. Each point represents the mean of seven experiments, each of whichincluded five replicate plates. For clarity, the standard errors are not shown; the mean standard error of all the points was 14.5% of the values plotted.

 Gênero

Abiotrophia e Granulicatella – pyridoxal ou L-cisteina  Tannerella forsythia – ácido N-acetil murâmico

 Methanosaeta

X Methanosarcina  + acetona e isopropanol  Methanosaeta

 Fatores


liberados por cepas helper– Crescimento microbiano (até na ausência)
Catellibacterium spp, Psychrobacter spp, Sphingomonas spp e Symbiobacterium spp.

 Moléculas


sinalizadoras

AMPc
  

bactérias marinhas (10 mM – 100% ); E. coli (5 mM - ); Legionella pneumophila (0,01 a 100 mM – não influência no crescimento)

Kaeberlein et al. (2002)

Bollmann et al. (2007)

FIG. 1. General view of thediffusion chamber for in situ microbial cultivation. One polycarbonate membrane is attached to the bottom of the stainless steel O-ring, the other to its top surface. The inner space is filled with microbial cells mixed with agar.

Fig. 1. Diffusion growth chamber for in situ cultivation of environmental microorganisms. (A) The chamber is formed by a washer sandwiched between two 0.03-mm pore-size...
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