quimica organica

Exemplos de aplicação de métodos de planejamento de fármacos

Um dos grandes desafios da química medicinal no processo de planejamento de fármacos é contribuir para o aumento da taxa de sucesso na descoberta de NCE. A integração de métodos experimentais e computacionais tem enorme importância na identificação e no desenvolvimento de novas moléculas bioativas a partir de coleções de compostos reais ou virtuais. Nesse âmbito, as estratégias de SBDD e LBDD assumem natural destaque (Andricopulo et al., 2009). Os métodos de SBDD se baseiam no conhecimento do arranjo topológico de alvos biológicos, logo, utilizam como pré-requisito dados 3D detalhados da macromolécula em estudo. Essa informação pode ser obtida mediante a análise de estruturas cristalográficas, de RMN ou de modelagem por homologia. A docagem molecular (do inglês molecular docking) é uma das principais estratégias de SBDD, que consiste na predição da conformação bioativa de uma pequena molécula (ligante) no sítio de ligação de uma macromolécula (proteína-alvo), seguido da avaliação (pontuação) e classificação do modo de ligação proposto. A triagem virtual baseada na estrutura do receptor (SBVS, do inglês structure-based virtual screening) emprega métodos de docagem molecular na análise de grandes bases de dados de compostos com o objetivo de caracterizar um espaço químico-biológico privilegiado e permitir a seleção de compostos para testes bioquímicos e/ou biológicos (Guido et al., 2008a; Andricopulo et al., 2009).

O planejamento de fármacos antiparasitários se baseia, especialmente, na investigação de vias bioquímicas do parasita e, quando apropriado, na comparação dessas com a do hospedeiro, com o objetivo de identificar possíveis alvos para modulação seletiva por moléculas pequenas (Verlinde et al., 2001). A aplicação de estratégias modernas de química medicinal pode ser observada no exemplo da purina nucleosídeo fosforilase de Schistosoma mansoni (SmPNP), uma enzima-chave da via de salvação de