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Osistema digestivo dos equinodermos é completo, possuindo boca, estômago, intestinos e ânus. No entanto, o estômago é encontrado apenas nos equinodermos carnívoros, contendo glândulas que produzem substâncias digestivas.
Equinodermos possuem sistema digestório completo, alimentando-se de detritos orgânicos, algas e/ou pequenos animais. Como não possuem sangue e tampouco sistema circulatório, os nutrientes são distribuídos via celoma. Quanto ao sistema nervoso, possuem um anel nervoso e cinco nervos radiais, além de alguns receptores químicos e táteis.

De forma geral, possuem sexos separados, mas não há dimorfismo sexual e a fecundação é externa. Além disso, possuem grande capacidade de regeneração, permitindo com que regiões fragmentadas sejam reconstituídas.
O sistema nervoso dos equinodermos é rudimentar, do tipo radial simples, constituído por uma rede nervosa modificada (neurônios que se conectam sem que exista um órgão central) e anéis nervosos radiais ao redor da cavidade oral que irradiam para a periferia do corpo. Os ramos desses nervos são responsáveis pelos movimentos dessesanimais. Os animais desse filo não possuem cérebro, mas alguns podem apresentar gânglios.
A excreção é feita diretamente através da água que ocupa o sistema ambulacrário, não havendo nenhuma outra estrutura excretora especializada.

A respiração ocorre por difusão, entre a água do mar e a que ocupa o sistema ambulacrário. Nos pepinos-do-mar, há uma série de filamentos ao redor da boca, pelos quais passa o líquido celomático, que funcionam como brânquias. Não há pigmentos transportadores de oxigênio. Os ouriços-do-mar possuem brânquias dérmicas, análogas às brânquias periorais dos pepinos-do-mar e também ocupadas por líquido celomático. Entre as brânquias dérmicas e os numerosos espinhos, os ouriços-do-mar possuem apêndices chamados pedicelárias, dotados de pinças nas extremidades e empregados na limpeza de detritos que se depositam no corpo. Em algumas espécies, essas