Genes

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PROSPECÇÃO DE GENES EM BIBLIOTECAS DE cDNA
GENE PROSPECTION IN cDNA LIBRARIES
Gaspar Malone ; Paulo Dejalma Zimmer ; Geri Eduardo Meneghello ; 4 5 Eliseu Binneck ; Silmar Teichet Peske
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- REVISÃO BIBLIOGRÁFICA RESUMO A prospecção de genes é um dos desafios atuais da ciência. Profissionais da bioinformática, em parceria com biologistas moleculares, precisam analisar grandes volumes deinformação. A prospecção de genes, embora tenha avançado bastante nos últimos tempos, ainda constitui-se numa área a ser explorada, principalmente nos organismos eucarióticos. Envolve a combinação de análises in silico e de análises moleculares. A estratégia de prospecção de genes inicia com a construção de uma ou mais bibliotecas de cDNA. Posteriormente, é realizada uma busca de seqüências porhomologia, dos genes de interesse, nos bancos de dados públicos. Em seguida, das seqüências selecionadas são identificados domínios conservados, através do alinhamento múltiplo. De posse dessa informação pode-se desenhar primers degenerados para triagem das bibliotecas de cDNA, analisadas para a localização de um ou mais genes de interesse, utilizando sondas marcadas ou estratégias de amplificaçãopor PCR. O espetacular avanço da bioinformática nos últimos anos, aliado à crescente capacidade computacional e velocidade de acesso a Internet, facilitam a realização de novas análises. Trabalhar no desenvolvimento de metodologias e algoritmos que permitam elucidar todas essas combinações entre genes e proteínas é, sem duvida, a nova fronteira da bioinformática e da biologia molecular.Palavras-chave: Bioinformática, biologia molecular, proteína, alinhamento, primers degenerados. ABSTRACT Gene prospection is one of the current challenges for science. Molecular biologists and Bioinformatics need to analyze a large amount of information. Gene prospection still constitutes an area to be explored, mainly in eukaryotes. It involves the combination of bioinformatics, with in silico analyses, andmolecular biology with the construction and screening of cDNA libraries. The strategy of gene prospection begins with the construction of cDNA libraries, followed by a search for homology in public databases. Soon afterwards, conserved regions are identified on the selected sequences, throughout multiple alignments. With this information, degenerate primers may be constructed for cDNA screening,which are analyzed to screen one or more genes, using labeled probes or DNA amplification by PCR. The spectacular progress of bioinformatic in the last few years, and the growing computational capacity and speed access on the Internet, helped to accomplish new analyses. The development of methodologies and algorithms that allow elucidating all genes and proteins combinations is the new border ofthe bioinformatics and the molecular biology. Key words: Bioinformatics, molecular biology, protein, alignment, degenerate primers.

INTRODUÇÃO O século XXI abre as portas para a era da genômica, marcada por acontecimentos históricos, como o sequenciamento de organismos modelos (Arabidopsis thaliana e Drosophila melanogaster) e espécies de interesse agrícola como o arroz e a cana-de-açucar(http://igweb. integratedgenomics.com/ERGO_supplement/genomes_all.html #). A disponibilidade dos genomas seqüenciados tem provocado um aumento no volume de informação, gerando dificuldades de armazenamento e manipulação, exigindo recursos computacionais cada vez mais eficientes e pessoas cada vez mais capacitadas na análise de dados. A análise detalhada e a correta interpretação da informação existentetêm propiciado condições para o desenvolvimento de estudos que até então eram inusitados. Esses estudos exigem profissionais com conhecimento em bioinformática, com excelente formação em biologia molecular, sólidos conhecimentos em informática e desenho de softwares. Profissionais com estas qualificações têm sido procurados pelas instituições públicas e/ou privadas que apostam na bioinformática...
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