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No fim do século X organizou-se em Cluny, na Borgonha, um novo mosteiro beneditino que procurava renovar a Regra de S. Bento. As igrejas cluniacenses eram cheias de belos elementos decorativos. A Regra de São Bento foi sendo "aligeirada" e alguns monges abandonam o seu mosteiro de Molesmes para fundarem um novo mosteiro em Cister. Os religiosos de Cister deviam viver do seu trabalho, não acumular riquezas, e os mosteiros seriam edificados em lugares ermos, sem qualquer decoração. Bernardo de Claraval, que se recolhera em 1112 em Cister, donde saiu para fundar a Abadia de Claraval animou bastante esta reforma que restituiu à Regra de S. Bento todo o rigor inicial. Enquanto D. Afonso Henriques se empenhava na Reconquista, chegaram ao território português os monges Cistercienses que fundaram o Mosteiro de São João Baptista de Tarouca em 1140.
D. Afonso Henriques primeiro rei de Portugal doou e coutou muitas terras na região de Alcobaça a S. Bernardo, em cumprimento da promessa feita, em 1147, quando da conquista de Santarém. É de cerca de 1152 o começo da construção provisória do mosteiro em Alcobaça, sendo conhecida no mesmo ano uma referência ao seu abade. A carta de doação foi assinada por D. Afonso Henriques no ano seguinte, 1153.Se se comparar a planta da igreja do Mosteiro de Alcobaça com a da segunda igreja de Claraval, vemos que têm a quase a mesma dimensão e disposição espacial.
Os primeiros monges de Alcobaça, monges brancos, tiveram uma ação civilizadora notável: em 1269 abrem a primeira escola pública. Também desempenharam ações de assistência e beneficência através da botica, a farmácia, e da esmola da portaria.
No tempo do geral Fr. Sebastião de Sotomaior tomaram grande incremento as oficinas de imaginária da Abadia.