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As novas tecnologias de sequenciamento,denominadas de tecnologias de sequenciamento de nova geração, começaram a ser comercializadas em 2005e estão evoluindo rapidamente. Todas essastecnologias promovem o sequenciamento de DNA em plataformas capazes de gerar informação sobre milhões de pares de bases em uma única corrida. Dentre as novas plataformas de sequenciamento, duas jápossuem ampla utilização em todo o mundo: a plataforma 454 FLX da Roche e a Solexa da Illumina.
Outros dois sistemas de sequenciamento que começam a ser utilizados são a plataforma da Applied Biosystems, denominada SOLiD System, e o HeliscopeTrue Single Molecule Sequencing (tSMS), da Helicos. Essas novas plataformas possuem como características comuns um poder de gerar informação muitas vezes maior que o sequenciamento de Sanger, com uma grande economia de tempo e custo por base para o sequenciamento.
Essa maior eficiência advém do uso da clonagem in vitro e de sistemas de suporte sólido para as unidades de sequenciamento, não precisando mais do intensivo trabalho laboratorial de produção de clones bacterianos, da montagem das placas de sequenciamento e da separação dos fragmentos em géis. A clonagem in vitro em suporte sólido permite que milhares de leituras possam ser produzidas de uma só vez com a plataforma 454, Solexa ou SOLiD.

Pelo método de Sanger, uma fita simples de DNA que será sequenciada, é hibridizada com um Primário (tinta) de desoxinucleotídeos marcado na ponta 5´ (cinco linha). Quatro misturas de reação são preparadas onde o Primário (tinta)s utilizados serão elongados por uma DNA polimerase. Cada mistura contém os quatro desoxinucleosídeos trifosfato normais mais um dos quatro didesoxinucleosídeos trifosfato em uma razão de aproximadamente 1/100. Uma vez que um didesoxinucleotídeo não tem ponta 3´-OH, não é possível haver elongação a partir do nucleotídeo adicionado, parando a reação. Desta forma, cada mistura de reação produzirá cadeias prematuramente