acadêmico

GROMACS (4.5.5): Tutorial para iniciantes (em Português-BR)
[GROMACS: Beginners Tutorial (Portuguese-Brazil)]

1

- Tutorial Introdutório GROMACS – Ricardo O. S. Soares 2012

GROMACS (4.5.5): Tutorial para iniciantes (em Português-BR)
[GROMACS: Beginners Tutorial (Portuguese-Brazil)]
(Dez/2013)

Versão 1.6
Ricardo O. S. Soares , MsC.
Group of Biological Physics, Dept. of Physics & Chemistry, Pharmaceutics Sciences Faculty from Ribeirão
Preto - University of São Paulo.
Av. do Café, S/N - ZIP:14040-903 - Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil - Phone: [phone].

http://lattes.cnpq.br/0777038258459931 [e-mail] 2

- Tutorial Introdutório GROMACS – Ricardo O. S. Soares 2012

Considerações Gerais

Motivação do Tutorial. Este tutorial vem com o objetivo de introduzir passo a passo uma simulação simples de dinâmica molecular em proteínas utilizando o pacote de programas
GROMACS. Inicialmente elaborado para auxiliar estudantes iniciantes nesse campo em nosso laboratório, este tutorial em português foi adaptado para atender as necessidades de um público mais geral. Agradeço o Prof. Dr. David van der Spoel pelo convite e pela oportunidade.
Dúvidas e sugestões: não hesite em me escrever!
Versão GROMACS Utilizada. Neste tutorial utilizamos a versão 4.5.5, ou seja, os comandos e procedimentos aqui são compatíveis com as mais novas versões do pacote. Atenção, partir da versão 4.6, o sistema de instalação mudou completamente, sendo agora utilizado o cmake
(http://www.cmake.org/) para tanto, isso será tratado na próxima versão do tutorial.
Para quem serve esse tutorial (Pré Requisitos). Este manual serve para estudantes de graduação ou pós-graduação que não possuam noção alguma sobre a dinâmica molecular, em especial no funcionamento do pacote GROMACS. O usuário deve estar habituado com conceitos básicos da computação. Habilidade básica em Linux é desejável, porém o tutorial traz algumas dicas e uma tabela básica de comandos